Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi cơ quan thuế thanh tra?

Khi cơ quan thuế thanh tra, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý, sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, hồ sơ thuế và chứng từ gốc để chứng minh tính chính xác của số liệu đã kê khai. Việc chuẩn bị không chỉ dừng ở tập hợp tài liệu mà còn cần rà soát sự thống nhất giữa hóa đơn, sổ kế toán, tờ khai và chứng từ thanh toán. Một bộ hồ sơ được phân loại khoa học sẽ giúp doanh nghiệp giải trình nhanh hơn và hạn chế phát sinh sai sót trong quá trình làm việc.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị những hồ sơ gì khi cơ quan thuế thanh tra?

Hồ sơ phục vụ thanh tra thuế thường xoay quanh bốn nhóm chính: hồ sơ pháp lý, sổ sách kế toán, hồ sơ khai và quyết toán thuế, cùng hóa đơn chứng từ chứng minh nghiệp vụ. Tùy nội dung và phạm vi thanh tra, cơ quan thuế có thể yêu cầu thêm các tài liệu liên quan đến doanh thu, chi phí, lao động, tài sản, giao dịch liên kết hoặc những nghiệp vụ có dấu hiệu cần làm rõ.

Hồ sơ pháp lý và thông tin doanh nghiệp cần chuẩn bị gì?

Doanh nghiệp nên tập hợp các giấy tờ thể hiện tư cách pháp lý, ngành nghề và quá trình hoạt động để đối chiếu với thông tin đang được sử dụng trong hồ sơ thuế. Những thay đổi về vốn, địa chỉ, ngành nghề, người đại diện hoặc cơ cấu thành viên cũng cần được kiểm tra để bảo đảm thông tin giữa hồ sơ pháp lý và dữ liệu kế toán không có mâu thuẫn.

Đối với doanh nghiệp có nhiều đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh, cần xác định rõ phạm vi hoạt động và cách hạch toán của từng đơn vị. Nếu doanh nghiệp có phát sinh hoạt động đặc thù, giấy phép chuyên ngành, hợp đồng góp vốn hoặc các thỏa thuận quan trọng khác, những tài liệu này cũng nên được phân loại riêng để có thể cung cấp khi cơ quan thuế yêu cầu.

Sổ sách kế toán và báo cáo tài chính cần kiểm tra những gì?

Sổ sách kế toán là cơ sở quan trọng để cơ quan thuế đối chiếu với số liệu trên tờ khai và báo cáo tài chính. Doanh nghiệp nên kiểm tra sổ nhật ký chung, sổ cái, sổ chi tiết các tài khoản có liên quan, bảng cân đối số phát sinh và các báo cáo quản trị được sử dụng để giải thích những biến động lớn. Dữ liệu trên phần mềm kế toán cũng cần được kiểm tra để bảo đảm số liệu đã khóa và có thể truy xuất khi cần.

Đặc biệt, doanh nghiệp nên đối chiếu doanh thu, giá vốn, chi phí, công nợ, tiền gửi ngân hàng và tài sản giữa sổ kế toán với báo cáo tài chính. Những khoản biến động bất thường hoặc có số dư lớn nên được chuẩn bị trước hồ sơ giải trình, thay vì đợi đến khi đoàn thanh tra đặt câu hỏi mới bắt đầu tìm chứng từ.

Hóa đơn và chứng từ gốc cần chuẩn bị ra sao?

Hóa đơn chỉ là một phần của bộ chứng từ chứng minh giao dịch. Với những khoản doanh thu hoặc chi phí quan trọng, doanh nghiệp nên bảo đảm có đầy đủ hợp đồng, hóa đơn, biên bản nghiệm thu hoặc giao nhận, chứng từ thanh toán và hồ sơ liên quan đến việc thực hiện giao dịch. Sự thống nhất giữa các tài liệu này giúp chứng minh nghiệp vụ thực tế và cơ sở ghi nhận kế toán, thuế.

• Hóa đơn điện tử đầu vào và đầu ra theo từng kỳ.
• Hợp đồng kinh tế, phụ lục hợp đồng và biên bản nghiệm thu, thanh lý khi có.
• Phiếu thu, phiếu chi, phiếu nhập kho, xuất kho và chứng từ liên quan.
• Sao kê ngân hàng, ủy nhiệm chi và chứng từ thanh toán đối với các giao dịch cần chứng minh.
• Hồ sơ tài sản cố định, công cụ dụng cụ và chứng từ liên quan đến khấu hao.

Doanh nghiệp cũng nên kiểm tra những hóa đơn có giá trị lớn, giao dịch bất thường hoặc phát sinh với đối tác có quan hệ liên quan. Nếu chứng từ giữa các bên không thống nhất về số tiền, thời điểm, nội dung hoặc phương thức thanh toán, khả năng phải giải trình bổ sung sẽ cao hơn.

Hồ sơ khai và quyết toán thuế cần rà soát những gì?

Tờ khai thuế và hồ sơ quyết toán cần được đối chiếu với sổ kế toán trước khi doanh nghiệp làm việc với cơ quan thuế. Doanh nghiệp nên kiểm tra các kỳ khai thuế GTGT, TNDN, TNCN và những loại thuế khác có phát sinh; đồng thời rà soát các hồ sơ khai bổ sung, số thuế đã nộp và số còn phải nộp. Nếu từng có điều chỉnh số liệu, cần lưu lại căn cứ và hồ sơ giải trình để tránh mất thời gian tìm kiếm.

Một nội dung quan trọng khác là đối chiếu số liệu giữa các sắc thuế. Chẳng hạn, doanh thu trên tờ khai GTGT có thể được đối chiếu với doanh thu kế toán và doanh thu khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN. Những khoản chênh lệch hợp lý cần có căn cứ giải thích, còn sai sót thực tế nên được xác định và xử lý theo đúng quy định trước khi thanh tra đi sâu vào hồ sơ.

Doanh nghiệp có giao dịch liên kết cần chuẩn bị thêm gì?

Nếu doanh nghiệp có giao dịch liên kết, phạm vi chuẩn bị hồ sơ sẽ rộng hơn do cần rà soát các giao dịch với bên liên kết và nghĩa vụ kê khai liên quan. Doanh nghiệp nên tập hợp hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, dữ liệu giao dịch và các tài liệu phục vụ việc xác định giá giao dịch liên kết theo quy định áp dụng.

Đặc biệt, các khoản mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, vay và cho vay, phí quản lý hoặc giao dịch với công ty trong cùng tập đoàn cần được kiểm tra riêng. Doanh nghiệp cũng nên đối chiếu nội dung kê khai giao dịch liên kết với sổ kế toán và báo cáo tài chính để phát hiện chênh lệch trước khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình.

Làm thế nào để doanh nghiệp chủ động trước khi thanh tra thuế?

Không nên chờ đến khi nhận thông báo thanh tra mới bắt đầu rà soát toàn bộ hồ sơ. Doanh nghiệp nên kiểm tra trước các kỳ nằm trong phạm vi thanh tra, ưu tiên những khoản doanh thu, chi phí và nghiệp vụ có giá trị lớn hoặc có khả năng phát sinh câu hỏi. Việc rà soát sớm giúp doanh nghiệp có thời gian bổ sung chứng từ, xác định nguyên nhân chênh lệch và chuẩn bị nội dung giải trình một cách nhất quán.

Nếu phát hiện sai sót trong quá trình tự rà soát, doanh nghiệp nên khai bổ sung và nộp đủ số thuế thiếu cùng tiền chậm nộp trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra. Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (đã sửa đổi), trường hợp này không bị phạt hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế (20% số thuế thiếu). Sau khi đã có quyết định thanh tra, việc khai bổ sung cho các kỳ thuộc phạm vi thanh tra sẽ bị hạn chế.

• Lập danh mục hồ sơ theo từng năm, từng sắc thuế và từng nhóm nghiệp vụ.
• Đối chiếu tờ khai với báo cáo tài chính và sổ kế toán.
• Rà soát các khoản chi phí lớn, công nợ, tiền mặt và giao dịch ngân hàng.
• Kiểm tra hồ sơ hóa đơn, hợp đồng và chứng từ thanh toán của các giao dịch trọng yếu.
• Chuẩn bị trước hồ sơ giải trình cho những khoản có biến động bất thường.

Trong quá trình thanh tra, doanh nghiệp nên phân công một đầu mối làm việc và kiểm soát việc cung cấp tài liệu để hạn chế tình trạng thông tin được trả lời không thống nhất. Các tài liệu đã cung cấp, nội dung giải trình và yêu cầu bổ sung cũng nên được theo dõi riêng để doanh nghiệp nắm rõ tiến độ xử lý hồ sơ.

Câu hỏi thường gặp

Cơ quan nào hiện nay tiến hành thanh tra thuế doanh nghiệp?

Từ 01/07/2025, bộ máy quản lý thuế gồm Cục Thuế (thuộc Bộ Tài chính), 34 Thuế tỉnh, thành phố và 350 Thuế cơ sở; không còn Chi cục Thuế quận, huyện. Thẩm quyền thanh tra, kiểm tra thực hiện theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (hiệu lực 01/07/2026) và văn bản hướng dẫn.

Doanh nghiệp được lựa chọn thanh tra, kiểm tra dựa trên tiêu chí nào?

Cơ quan thuế áp dụng quản lý rủi ro và phân tích dữ liệu (hóa đơn điện tử, tờ khai, báo cáo tài chính, dữ liệu ngân hàng) để lựa chọn đối tượng. Những dấu hiệu như hoàn thuế lớn, lỗ kéo dài, biến động bất thường về doanh thu, chi phí hoặc giao dịch liên kết thường làm tăng khả năng được lựa chọn.

Có nên thuê đơn vị tư vấn rà soát trước khi thanh tra?

Với doanh nghiệp có quy mô giao dịch lớn, giao dịch liên kết hoặc nhiều năm chưa được kiểm tra, rà soát độc lập trước giúp phát hiện sớm rủi ro, chuẩn bị hồ sơ giải trình nhất quán và chủ động khai bổ sung khi cần.

Nguồn tham khảo: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15; Nghị định 252/2026/NĐ-CP; Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP và Nghị định 310/2025/NĐ-CP); Nghị định 132/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP). Tra cứu văn bản tại vbpl.vn.

Cẩm nang liên quan: Tổng hợp nghĩa vụ, lịch kê khai và điểm mới về thuế tại Cẩm nang thuế doanh nghiệp 2026.