Thanh tra giao dịch liên kết: cơ quan thuế tập trung vào đâu

Khi thanh tra, kiểm tra doanh nghiệp có giao dịch liên kết, cơ quan thuế thường tập trung vào năm vùng: lỗ kéo dài hoặc lợi nhuận thấp hơn ngành, phí bản quyền và phí dịch vụ nội bộ, chi phí lãi vay vượt giới hạn 30% EBITDA, giá mua bán hàng hóa với công ty mẹ, và chất lượng hồ sơ xác định giá. Đối tượng được chọn dựa trên phân tích rủi ro từ dữ liệu kê khai, hóa đơn điện tử, hải quan và thông tin trao đổi quốc tế. Hiểu trước các trọng tâm này giúp doanh nghiệp chủ động giải trình thay vì bị ấn định.

Cách cơ quan thuế lựa chọn doanh nghiệp

Theo định hướng quản lý rủi ro của Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, việc chọn doanh nghiệp để thanh tra giao dịch liên kết không dàn trải mà dựa trên bộ tiêu chí:

• Doanh nghiệp kê khai lỗ nhiều năm liên tiếp hoặc tỷ suất lợi nhuận giảm bất thường so với năm trước và so với ngành.
• Tỷ trọng giao dịch liên kết lớn trên tổng doanh thu, chi phí.
• Đang hưởng ưu đãi thuế hoặc có bên liên kết tại nơi thuế suất thấp.
• Không nộp hoặc nộp phụ lục giao dịch liên kết thiếu thông tin.
• Dấu hiệu từ báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR) và thông tin trao đổi với cơ quan thuế nước ngoài.

Sau sắp xếp bộ máy năm 2025, công tác này do Cục Thuế và Thuế tỉnh, thành phố thực hiện, có sự phối hợp dữ liệu tập trung.

Năm trọng tâm khi thanh tra giao dịch liên kết

1. Phân tích chức năng và lựa chọn phương pháp

Đoàn thanh tra kiểm tra doanh nghiệp tự mô tả mình là nhà sản xuất gia công, nhà phân phối hạn chế rủi ro hay doanh nghiệp đầy đủ chức năng, và mô tả đó có khớp thực tế không. Một doanh nghiệp tự nhận “rủi ro thấp” nhưng lại chịu lỗ nhiều năm là mâu thuẫn dễ bị chất vấn.

2. Dữ liệu so sánh và khoảng giá

Cơ quan thuế xem lại bộ doanh nghiệp so sánh, tiêu chí loại trừ và khoảng giá. Khi tỷ suất của doanh nghiệp nằm ngoài khoảng giá chuẩn, cơ quan thuế có thể điều chỉnh về giá trị trung vị.

3. Phí dịch vụ nội bộ, bản quyền

Doanh nghiệp phải chứng minh dịch vụ thực sự được cung cấp, mang lại lợi ích kinh tế, không trùng lặp và giá phù hợp. Khoản phí chỉ dựa trên tỷ lệ phân bổ của tập đoàn mà thiếu bằng chứng thường bị loại.

4. Chi phí lãi vay

Tổng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi, lãi cho vay chỉ được trừ tối đa 30% EBITDA; phần vượt chuyển sang tối đa 5 năm. Đoàn thanh tra đối chiếu cách tính EBITDA và việc theo dõi phần chuyển tiếp.

5. Tính tuân thủ hồ sơ

Hồ sơ xác định giá có được lập trước thời hạn quyết toán, có thông tin nhất quán với hồ sơ toàn cầu và báo cáo tài chính hay không. Hồ sơ yếu là căn cứ để cơ quan thuế sử dụng cơ sở dữ liệu của mình và ấn định.

Kết quả thường gặp sau thanh tra

Danh mục tài liệu cần chuẩn bị được liệt kê trong bài thanh tra chống chuyển giá: doanh nghiệp FDI cần chuẩn bị gì. Các kẽ hở thường bị cơ quan thuế chú ý được phân tích tại kẽ hở chuyển giá phổ biến.

Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp có giao dịch liên kết trong nước có bị thanh tra không?

Có. Giao dịch giữa các bên liên kết cùng ở Việt Nam vẫn thuộc phạm vi Nghị định 132/2020/NĐ-CP, đặc biệt khi một bên hưởng ưu đãi thuế hoặc có lỗ.

Có cách nào giảm rủi ro bị điều chỉnh giá dài hạn?

Doanh nghiệp có thể đề nghị thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá (APA) với cơ quan thuế để thống nhất phương pháp cho nhiều năm.

Nguồn tham khảo: Nghị định 132/2020/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP; Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15; Nghị định 125/2020/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP. Tra cứu tại vbpl.vn.

Cẩm nang liên quan: Tổng hợp nghĩa vụ, hồ sơ và quy định giao dịch liên kết tại Cẩm nang giao dịch liên kết và chuyển giá 2026.