Tăng cường thanh tra chống chuyển giá: doanh nghiệp FDI cần chuẩn bị gì

Để sẵn sàng cho thanh tra chuyển giá, doanh nghiệp FDI cần có đủ ba nhóm tài liệu trước khi cơ quan thuế đến: phụ lục kê khai giao dịch liên kết đã nộp cùng quyết toán, hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết lập đúng hạn, và bằng chứng gốc chứng minh giá, lợi ích của từng giao dịch. Hồ sơ xác định giá phải được cung cấp trong thời hạn ngắn khi có yêu cầu, nên không thể “làm bù” sau khi nhận quyết định thanh tra.

Vì sao thanh tra chuyển giá được tăng cường

Giao dịch liên kết là trọng tâm quản lý rủi ro của ngành thuế: cơ quan thuế ngày càng có nhiều dữ liệu (hóa đơn điện tử, dữ liệu hải quan, báo cáo lợi nhuận liên quốc gia, trao đổi thông tin quốc tế) để chọn đúng doanh nghiệp có chỉ số bất thường. Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 tiếp tục định hướng quản lý theo rủi ro, tức là doanh nghiệp có hồ sơ yếu sẽ dễ được chọn hơn. Các vùng rủi ro mà đoàn thanh tra thường tập trung được phân tích tại bài thanh tra giao dịch liên kết: cơ quan thuế tập trung vào đâu.

Checklist chuẩn bị trước thanh tra

1. Kê khai và miễn trừ

• Đã nộp phụ lục thông tin giao dịch liên kết theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP) cùng tờ khai quyết toán TNDN của từng năm.
• Nếu thuộc diện miễn lập hồ sơ (doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng; hoặc chức năng đơn giản, doanh thu dưới 200 tỷ đồng và đạt tỷ suất lợi nhuận 5%/10%/15% theo lĩnh vực), đã ghi nhận rõ căn cứ miễn trên phụ lục.
• Rà soát danh sách bên liên kết theo Phụ lục I mới (Nghị định 20/2025), đặc biệt quan hệ với tổ chức tín dụng.

2. Hồ sơ xác định giá

• Hồ sơ quốc gia (local file) phân tích chức năng, rủi ro, tài sản; lựa chọn phương pháp; dữ liệu so sánh và khoảng giá.
• Hồ sơ toàn cầu (master file) do tập đoàn cung cấp.
• Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR) hoặc thông tin nơi nộp, nếu công ty mẹ tối cao có doanh thu hợp nhất từ 18.000 tỷ đồng.
• Hồ sơ được lập và lưu trước thời hạn nộp quyết toán, sẵn sàng cung cấp khi có yêu cầu.

3. Chứng từ gốc theo từng loại giao dịch

• Mua bán hàng hóa: hợp đồng khung, bảng giá, so sánh với giá bán cho khách hàng độc lập (nếu có).
• Phí bản quyền, dịch vụ nội bộ: hợp đồng, cơ sở phân bổ, báo cáo kết quả dịch vụ, email, biên bản chứng minh dịch vụ thực sự được cung cấp và mang lại lợi ích.
• Vay nội bộ: hợp đồng, bảng tính chi phí lãi vay được trừ trong giới hạn 30% EBITDA và phần chuyển sang kỳ sau. Xem thêm khống chế lãi vay trong giao dịch liên kết.

Tự rà soát số liệu trước khi đoàn đến

1. So tỷ suất lợi nhuận của doanh nghiệp với khoảng giá trong hồ sơ; nếu nằm ngoài khoảng, chuẩn bị giải trình hoặc cân nhắc khai bổ sung.
2. Đối chiếu số liệu phụ lục giao dịch liên kết với sổ kế toán và báo cáo tài chính đã kiểm toán.
3. Xác định các năm lỗ, lý do kinh doanh và bằng chứng kèm theo.
4. Kiểm tra tính nhất quán giữa hồ sơ toàn cầu và hồ sơ quốc gia về mô hình kinh doanh.

Nếu tự phát hiện sai sót và khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, doanh nghiệp chỉ nộp thuế thiếu và tiền chậm nộp 0,03%/ngày, không bị phạt 20% số thuế thiếu. Cách điền phụ lục xem hướng dẫn lập tờ khai giao dịch liên kết.

Trong quá trình thanh tra

• Cử đầu mối hiểu nghiệp vụ và hồ sơ; lập danh mục tài liệu đã giao.
• Giải trình bằng văn bản, kèm dữ liệu; không chấp nhận phương pháp hoặc dữ liệu so sánh của đoàn khi chưa phân tích.
• Thực hiện quyền giải trình, khiếu nại nếu không đồng ý kết luận.

Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp được miễn lập hồ sơ có bị thanh tra chuyển giá không?

Có thể. Miễn lập hồ sơ không có nghĩa là miễn tuân thủ nguyên tắc giao dịch độc lập; doanh nghiệp vẫn phải kê khai và chứng minh điều kiện miễn.

Có thể lập hồ sơ xác định giá sau khi nhận quyết định thanh tra không?

Không nên. Hồ sơ phải được lập trước thời hạn quyết toán; hồ sơ lập muộn dễ bị đánh giá là không tin cậy và cơ quan thuế có cơ sở ấn định.

Nguồn tham khảo: Nghị định 132/2020/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP; Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15; Nghị định 125/2020/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP. Tra cứu tại vbpl.vn.

Cẩm nang liên quan: Tổng hợp nghĩa vụ, hồ sơ và quy định giao dịch liên kết tại Cẩm nang giao dịch liên kết và chuyển giá 2026.