Rủi ro thuế thường gặp ở doanh nghiệp FDI

Rủi ro thuế lớn nhất của doanh nghiệp FDI nằm ở giao dịch liên kết, điều kiện áp dụng thuế GTGT 0%, thuế TNCN của chuyên gia nước ngoài, tình trạng lỗ kéo dài và việc chuyển lợi nhuận ra nước ngoài. Từ năm 2025–2026, mức độ rủi ro còn thay đổi theo Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15, quy định thuế tối thiểu toàn cầu và Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15.

Rủi ro thuế doanh nghiệp FDI thường phát sinh từ giao dịch xuyên biên giới, quan hệ với công ty mẹ và sự khác biệt trong cách quản lý thuế giữa Việt Nam với tập đoàn ở nước ngoài. Các vấn đề về giao dịch liên kết, thuế GTGT, thuế TNCN của chuyên gia nước ngoài hay tình trạng thua lỗ kéo dài đều có thể khiến doanh nghiệp phải giải trình khi kiểm tra thuế. Chủ động rà soát hồ sơ và nghĩa vụ thuế giúp doanh nghiệp FDI hạn chế nguy cơ truy thu, tiền chậm nộp và xử phạt.

Những rủi ro thuế nào thường gặp ở doanh nghiệp FDI?

Doanh nghiệp FDI thường có mô hình hoạt động gắn với công ty mẹ hoặc các thành viên trong cùng tập đoàn nên số lượng giao dịch xuyên biên giới tương đối lớn. Bên cạnh nghĩa vụ thuế thông thường, doanh nghiệp còn phải quan tâm đến giao dịch liên kết, chính sách giá, chuyên gia nước ngoài và dòng tiền chuyển ra nước ngoài. Nếu các nội dung này không được kiểm soát đồng bộ, sai sót có thể ảnh hưởng đến nhiều kỳ kê khai và quyết toán.

Giao dịch liên kết và chuyển giá có rủi ro gì?

Giao dịch liên kết là một trong những nhóm rủi ro thuế đáng chú ý nhất đối với doanh nghiệp FDI. Các giao dịch mua bán hàng hóa, vay vốn, cung cấp dịch vụ, chuyển giao tài sản hoặc thanh toán phí quản lý, bản quyền với công ty mẹ và bên liên kết cần được xem xét về bản chất, giá giao dịch và hồ sơ chứng minh. Doanh nghiệp càng có nhiều giao dịch xuyên biên giới thì yêu cầu kiểm soát dữ liệu và hồ sơ càng cần được thực hiện chặt chẽ.

Rủi ro thường phát sinh khi doanh nghiệp không xác định đầy đủ quan hệ liên kết, kê khai chưa chính xác hoặc không có đủ cơ sở chứng minh mức giá áp dụng. Khi kiểm tra, cơ quan thuế có thể xem xét các giao dịch có dấu hiệu bất thường và điều chỉnh lại thu nhập chịu thuế nếu có căn cứ. Vì vậy, chuyển giá không nên chỉ được xử lý khi doanh nghiệp có thông báo thanh tra mà cần được rà soát trong suốt năm tài chính.

Căn cứ chính là Nghị định 132/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP). Với khoản vay từ bên liên kết, tổng chi phí lãi vay thuần được trừ không vượt 30% lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh cộng chi phí lãi vay thuần và khấu hao (EBITDA), phần vượt được chuyển sang kỳ sau tối đa 5 năm. Phân tích chi tiết tác động có tại bài Giao dịch liên kết ảnh hưởng thế nào đến doanh nghiệp FDI.

Thuế GTGT với dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài có rủi ro gì?

Doanh nghiệp FDI có hoạt động cung cấp dịch vụ cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài cần xác định đúng điều kiện áp dụng thuế suất GTGT 0%. Việc khách hàng ở nước ngoài không đồng nghĩa mọi dịch vụ cung cấp cho khách hàng đó đều tự động được áp dụng thuế suất 0%. Doanh nghiệp cần xem xét bản chất dịch vụ, nơi tiêu dùng và các điều kiện về hồ sơ, hợp đồng, chứng từ thanh toán theo quy định.

Rủi ro thường xuất hiện khi hồ sơ không đủ cơ sở chứng minh dịch vụ đáp ứng điều kiện áp dụng thuế suất 0%. Các khoản thanh toán qua ngân hàng, hợp đồng và tài liệu thể hiện việc cung cấp dịch vụ cần được lưu trữ thống nhất với số liệu kế toán. Nếu điều kiện không được đáp ứng, doanh nghiệp có thể phải điều chỉnh nghĩa vụ thuế GTGT và xử lý các khoản liên quan.

Căn cứ hiện hành là Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (sửa đổi bởi Luật 90/2025/QH15 và Luật 149/2025/QH15) và Nghị định 181/2025/NĐ-CP (đã sửa đổi). Theo đó, dịch vụ xuất khẩu phải được tiêu dùng ngoài Việt Nam và có hợp đồng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng; hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ thuế đầu vào. Doanh nghiệp cũng cần lưu ý chính sách giảm thuế GTGT từ 10% xuống 8% theo Nghị quyết 204/2025/QH15 và Nghị định 174/2025/NĐ-CP áp dụng đến hết 31/12/2026, trừ nhóm hàng hóa, dịch vụ bị loại trừ.

Chuyên gia nước ngoài tại doanh nghiệp FDI có rủi ro thuế TNCN nào?

Chuyên gia nước ngoài thường là nhóm đối tượng cần được doanh nghiệp FDI kiểm soát riêng về thuế TNCN. Việc xác định nghĩa vụ thuế phụ thuộc vào tình trạng cư trú, thời gian có mặt tại Việt Nam và các khoản thu nhập phát sinh trong kỳ tính thuế. Nếu doanh nghiệp chỉ căn cứ vào hợp đồng lao động tại Việt Nam mà không kiểm tra đầy đủ thông tin làm việc và thu nhập của chuyên gia, nguy cơ kê khai thiếu thuế có thể phát sinh.

Ngoài tiền lương, doanh nghiệp cần xem xét các khoản phụ cấp, tiền nhà, chi phí đi lại, bảo hiểm hoặc những khoản phúc lợi khác do doanh nghiệp hoặc tập đoàn chi trả. Đặc biệt, trường hợp công ty mẹ ở nước ngoài trực tiếp thanh toán một phần thu nhập cho chuyên gia nhưng doanh nghiệp Việt Nam không theo dõi đầy đủ có thể tạo ra chênh lệch dữ liệu. Việc đối chiếu thông tin nhân sự, bảng lương và chi phí do tập đoàn phân bổ giúp hạn chế rủi ro khi quyết toán thuế TNCN.

Từ kỳ tính thuế 2026, thu nhập từ tiền lương, tiền công của cá nhân cư trú áp dụng Luật Thuế TNCN 109/2025/QH15 với biểu thuế lũy tiến 5 bậc (5%–35%) và mức giảm trừ gia cảnh 15,5 triệu đồng/tháng cho bản thân, 6,2 triệu đồng/tháng cho mỗi người phụ thuộc (Nghị quyết 110/2025/UBTVQH15). Chuyên gia không cư trú tiếp tục chịu thuế suất toàn phần trên thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

Vì sao doanh nghiệp FDI thua lỗ kéo dài dễ bị chú ý về thuế?

Thua lỗ trong một hoặc một vài năm không đồng nghĩa doanh nghiệp có vi phạm về thuế, bởi kết quả kinh doanh còn phụ thuộc vào ngành nghề, giai đoạn đầu tư và điều kiện thị trường. Tuy nhiên, tình trạng thua lỗ kéo dài trong khi doanh nghiệp vẫn duy trì hoặc mở rộng hoạt động có thể khiến cơ quan thuế quan tâm hơn đến cơ cấu doanh thu, chi phí và các giao dịch với bên liên kết. Đây là lý do doanh nghiệp FDI cần chuẩn bị cơ sở giải thích hợp lý cho kết quả kinh doanh của mình.

Các khoản chi phí từ công ty mẹ như phí quản lý, phí dịch vụ, bản quyền hoặc chi phí tài chính cần được kiểm tra kỹ khi doanh nghiệp liên tục ghi nhận lỗ. Doanh nghiệp cần chứng minh được bản chất giao dịch, lợi ích nhận được và cơ sở hình thành chi phí thay vì chỉ dựa vào hợp đồng hoặc chứng từ thanh toán. Hồ sơ càng rõ ràng thì doanh nghiệp càng thuận lợi khi giải trình về nguyên nhân thua lỗ và chính sách giá áp dụng.

Chuyển lợi nhuận ra nước ngoài có thể gặp rủi ro thuế nào?

Việc chuyển lợi nhuận ra nước ngoài cần được thực hiện trên cơ sở doanh nghiệp đã đáp ứng các điều kiện liên quan đến phân phối lợi nhuận và nghĩa vụ thuế. Trước khi thực hiện, doanh nghiệp cần kiểm tra số liệu lợi nhuận sau thuế, tình trạng hoàn thành nghĩa vụ thuế và các khoản phải nộp còn tồn tại. Nếu số liệu kế toán và hồ sơ thuế không thống nhất, quá trình thực hiện có thể phát sinh yêu cầu giải trình hoặc bổ sung.

Rủi ro cũng có thể xuất hiện khi doanh nghiệp thực hiện giảm vốn, chấm dứt hoạt động hoặc giải thể nhưng chưa rà soát đầy đủ nghĩa vụ thuế của các kỳ trước. Những vấn đề tồn đọng về kê khai, công nợ thuế hoặc chứng từ có thể khiến thời gian hoàn tất thủ tục kéo dài. Vì vậy, doanh nghiệp nên thực hiện Tax Health Check trước các giao dịch có liên quan đến việc phân phối lợi nhuận hoặc thay đổi dòng vốn đầu tư.

Những thay đổi pháp lý 2025–2026 làm thay đổi mức độ rủi ro thuế

• Thuế TNDN: Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP áp dụng từ kỳ tính thuế 2025. Thuế suất phổ thông vẫn là 20%; mức 15% và 17% dành cho doanh nghiệp có tổng doanh thu năm đến 50 tỷ đồng nhưng không áp dụng cho công ty con, công ty liên kết không đủ điều kiện. Khoản chi từ 5 triệu đồng phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được trừ.
• Thuế tối thiểu toàn cầu: theo Nghị quyết 107/2023/QH15 và Nghị định 236/2025/NĐ-CP (áp dụng từ năm tài chính 2024), công ty con tại Việt Nam của tập đoàn có doanh thu hợp nhất từ 750 triệu EUR có thể phải nộp thuế bổ sung tối thiểu nội địa đạt chuẩn nếu thuế suất thực tế dưới 15%, kể cả khi đang hưởng ưu đãi thuế TNDN.
• Quản lý thuế: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 có hiệu lực từ 01/07/2026: thời hạn khai bổ sung hồ sơ còn 5 năm; tiền chậm nộp 0,03%/ngày; người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp nợ thuế từ 500 triệu đồng quá hạn từ 120 ngày có thể bị tạm hoãn xuất cảnh.
• Xử phạt: Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP và Nghị định 310/2025/NĐ-CP) phạt 20% số thuế thiếu khi khai sai; doanh nghiệp tự phát hiện và khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thì không bị phạt hành vi này mà chỉ nộp tiền chậm nộp.

Doanh nghiệp FDI nên kiểm soát rủi ro thuế như thế nào?

Kiểm soát rủi ro thuế doanh nghiệp FDI hiệu quả cần bắt đầu từ việc xác định đúng nghĩa vụ thuế theo từng nhóm hoạt động. Doanh nghiệp nên rà soát riêng giao dịch liên kết, thuế GTGT, TNCN của chuyên gia nước ngoài và các khoản chi phí có giá trị lớn để tránh bỏ sót vấn đề. Việc kiểm tra định kỳ cũng giúp doanh nghiệp phát hiện chênh lệch giữa kế toán, hồ sơ thuế và báo cáo của tập đoàn trước khi bước vào kỳ quyết toán.

• Rà soát giao dịch liên kết: Kiểm tra quan hệ liên kết, giá giao dịch, hồ sơ xác định giá và các nội dung kê khai liên quan.
• Kiểm tra hồ sơ thuế GTGT: Đối chiếu hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán và điều kiện áp dụng thuế suất.
• Kiểm soát thuế TNCN chuyên gia: Đối chiếu tình trạng cư trú, thu nhập, phúc lợi và khoản chi trả từ công ty mẹ.
• Phân tích nguyên nhân thua lỗ: Kiểm tra chi phí dịch vụ, bản quyền, lãi vay và các giao dịch nội bộ có ảnh hưởng lớn đến lợi nhuận.
• Kiểm tra trước khi chuyển lợi nhuận: Đảm bảo doanh nghiệp đã rà soát nghĩa vụ thuế và số liệu lợi nhuận được phân phối.

Khi nào nên thực hiện rà soát thuế cho doanh nghiệp FDI?

Rà soát thuế nên được thực hiện trước kỳ quyết toán hoặc trước những sự kiện có khả năng làm phát sinh yêu cầu kiểm tra hồ sơ. Doanh nghiệp FDI mới thành lập, có thay đổi lớn về cơ cấu tập đoàn, phát sinh nhiều giao dịch liên kết hoặc ghi nhận thua lỗ trong nhiều kỳ nên chủ động kiểm tra sớm. Việc này giúp doanh nghiệp có thời gian xử lý chứng từ và điều chỉnh những vấn đề còn tồn tại.

Một đợt rà soát hiệu quả không nên chỉ tập trung vào tờ khai thuế mà cần đối chiếu với sổ kế toán và báo cáo tài chính. Các khoản mục doanh thu, chi phí, công nợ, giao dịch với bên liên kết và thu nhập của chuyên gia nước ngoài nên được kiểm tra theo cùng một hệ thống dữ liệu. Nhờ đó, doanh nghiệp có thể nhận diện nguyên nhân chênh lệch và chuẩn bị phương án giải trình trước khi cơ quan thuế yêu cầu.

Chủ động kiểm soát rủi ro thuế doanh nghiệp FDI

Rủi ro thuế doanh nghiệp FDI thường không đến từ một sai sót đơn lẻ mà hình thành từ sự thiếu đồng bộ giữa kế toán, nhân sự, thuế và chính sách của tập đoàn. Giao dịch liên kết, thuế GTGT, thuế TNCN của chuyên gia nước ngoài, tình trạng thua lỗ kéo dài và dòng tiền chuyển ra nước ngoài đều cần được kiểm soát theo một quy trình thống nhất. Chủ động rà soát giúp doanh nghiệp giảm nguy cơ truy thu và có cơ sở giải trình rõ ràng hơn khi phát sinh kiểm tra.

Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp FDI đang hưởng ưu đãi thuế TNDN có bị ảnh hưởng bởi thuế tối thiểu toàn cầu không?

Có thể. Nếu thuộc tập đoàn có doanh thu hợp nhất từ 750 triệu EUR trong ít nhất 2 của 4 năm gần nhất và thuế suất thực tế tại Việt Nam dưới 15%, doanh nghiệp có thể phải nộp thuế bổ sung tối thiểu nội địa đạt chuẩn theo Nghị định 236/2025/NĐ-CP.

Phát hiện sai sót thuế các năm trước thì doanh nghiệp FDI nên làm gì?

Nên khai bổ sung càng sớm càng tốt. Nếu doanh nghiệp tự khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra, doanh nghiệp không bị phạt 20% số thuế thiếu mà chỉ nộp số thuế còn thiếu và tiền chậm nộp 0,03%/ngày.

Doanh nghiệp FDI lỗ nhiều năm có bị ấn định thuế không?

Lỗ không phải căn cứ để ấn định thuế, nhưng làm tăng khả năng bị kiểm tra chuyên sâu về giá giao dịch liên kết. Nếu không chứng minh được giá phù hợp nguyên tắc giao dịch độc lập, cơ quan thuế có thể điều chỉnh thu nhập chịu thuế.

Nguồn tham khảo: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15; Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15, Nghị định 320/2025/NĐ-CP; Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (đã sửa đổi), Nghị định 181/2025/NĐ-CP (đã sửa đổi); Luật Thuế TNCN 109/2025/QH15; Nghị định 132/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP); Nghị định 236/2025/NĐ-CP; Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP, Nghị định 310/2025/NĐ-CP) (tra cứu văn bản tại vbpl.vn).