Doanh nghiệp FDI mới thành lập cần chuẩn bị hệ thống kế toán gì?

Doanh nghiệp FDI mới thành lập cần chuẩn bị 6 thành phần: chế độ và chính sách kế toán, hệ thống tài khoản, tài khoản vốn đầu tư và thanh toán, bộ chứng từ, phần mềm kế toán, quy trình kế toán – thuế. Doanh nghiệp thành lập từ năm 2026 áp dụng chế độ kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC (hoặc Thông tư 133/2016/TT-BTC nếu là doanh nghiệp nhỏ và vừa), không còn dùng Thông tư 200/2014/TT-BTC.

Doanh nghiệp FDI mới thành lập cần xây dựng hệ thống kế toán ngay từ giai đoạn đầu để kiểm soát dòng tiền, vốn đầu tư, doanh thu, chi phí và thực hiện đúng các nghĩa vụ báo cáo, thuế tại Việt Nam. Khác với doanh nghiệp thông thường, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thường phát sinh thêm nghiệp vụ góp vốn, giao dịch với công ty mẹ, thanh toán quốc tế, ngoại tệ và báo cáo theo yêu cầu của tập đoàn. Vì vậy, việc thiết lập đúng chế độ kế toán, hệ thống tài khoản, chứng từ, phần mềm và quy trình kiểm soát ngay từ đầu sẽ giúp hạn chế đáng kể sai sót về sau.

Doanh nghiệp FDI mới thành lập cần chuẩn bị gì cho hệ thống kế toán?

Hệ thống kế toán không chỉ là phần mềm ghi nhận thu chi mà bao gồm toàn bộ quy trình từ tổ chức chứng từ, tài khoản kế toán, sổ sách, phân quyền, lập báo cáo đến kiểm soát nghĩa vụ thuế. Doanh nghiệp nên hoàn thiện từng thành phần theo trình tự để bảo đảm các giao dịch đầu tiên như góp vốn, thuê văn phòng, mua tài sản, trả lương hoặc thanh toán cho nhà cung cấp đều được ghi nhận đúng.

Lựa chọn chế độ và chính sách kế toán như thế nào?

Doanh nghiệp FDI trước hết cần xác định chế độ kế toán và chính sách kế toán áp dụng tại Việt Nam phù hợp với loại hình và quy mô hoạt động. Không nên hiểu rằng doanh nghiệp FDI được tự do lựa chọn IFRS thay cho toàn bộ yêu cầu kế toán Việt Nam chỉ vì công ty mẹ đang sử dụng IFRS ở nước ngoài.

Từ ngày 01/01/2026, chế độ kế toán doanh nghiệp được hướng dẫn tại Thông tư 99/2025/TT-BTC thay Thông tư 200/2014/TT-BTC; doanh nghiệp nhỏ và vừa có thể áp dụng Thông tư 133/2016/TT-BTC hoặc chọn Thông tư 99 nếu áp dụng nhất quán. Doanh nghiệp cũng cần bố trí kế toán trưởng hoặc người phụ trách kế toán đáp ứng tiêu chuẩn theo Luật Kế toán 88/2015/QH13 (có thể thuê dịch vụ kế toán trưởng), và ban hành quy chế tài chính, chính sách kế toán bằng văn bản.

Trong trường hợp tập đoàn yêu cầu báo cáo theo IFRS hoặc US GAAP, doanh nghiệp có thể phải thực hiện thêm các bước điều chỉnh và đối chiếu từ số liệu phục vụ báo cáo tại Việt Nam sang số liệu tập đoàn. Vì vậy, ngay khi thành lập nên thống nhất với công ty mẹ về chart of accounts, kỳ khóa sổ, biểu mẫu báo cáo, nguyên tắc quy đổi và các khoản mục cần reconciliation.

Hệ thống tài khoản kế toán cần thiết lập ra sao?

Hệ thống tài khoản nên được thiết kế dựa trên hoạt động thực tế thay vì chỉ sử dụng một bộ tài khoản chung. Với doanh nghiệp FDI, nên đặc biệt chú ý đến các tài khoản và mã theo dõi liên quan đến vốn góp, công ty mẹ, bên liên kết, khoản vay nước ngoài, doanh thu xuất khẩu, chi phí trả cho nước ngoài và các khoản công nợ bằng ngoại tệ.

Khi xây dựng danh mục tài khoản theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, cần lưu ý một số điểm khác với chế độ cũ: TK 111, 112 không còn tài khoản cấp 2 quy định sẵn (doanh nghiệp tự mở chi tiết theo VND, từng ngoại tệ); TK 112 đổi tên thành “Tiền gửi không kỳ hạn”; vốn góp của nhà đầu tư nước ngoài theo dõi trên TK 4111 “Vốn góp của chủ sở hữu”; lợi nhuận phải trả cho nhà đầu tư theo dõi trên TK 332 “Phải trả cổ tức, lợi nhuận”; chi phí thuế TNDN bổ sung theo thuế tối thiểu toàn cầu dùng TK 82112.

Việc mở tài khoản chi tiết ngay từ đầu giúp kế toán dễ truy xuất giao dịch khi lập báo cáo tài chính hoặc quyết toán thuế. Đồng thời, doanh nghiệp có thể thiết kế thêm mã dự án, phòng ban, trung tâm chi phí hoặc mã giao dịch liên kết nếu công ty mẹ cần báo cáo quản trị ở mức chi tiết hơn.

Doanh nghiệp FDI cần chuẩn bị tài khoản vốn và tài khoản thanh toán thế nào?

Dòng tiền liên quan đến vốn đầu tư là một trong những nội dung cần được tổ chức riêng ngay khi doanh nghiệp bắt đầu hoạt động. Tùy giao dịch và quy định quản lý ngoại hối tại từng thời điểm, doanh nghiệp FDI cần sử dụng tài khoản vốn đầu tư trực tiếp phù hợp để thực hiện các giao dịch liên quan đến hoạt động đầu tư, đồng thời có tài khoản thanh toán phục vụ hoạt động kinh doanh thường xuyên.

Kế toán cần đối chiếu số tiền thực tế nhận được với hồ sơ góp vốn, chứng từ ngân hàng và số liệu vốn chủ sở hữu trên sổ. Đối với khoản góp vốn bằng ngoại tệ hoặc tài sản, doanh nghiệp cũng cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng minh nguồn gốc, giá trị và việc ghi nhận để tránh chênh lệch giữa hồ sơ đầu tư, ngân hàng và kế toán.

Chứng từ kế toán ban đầu cần chuẩn bị những gì?

Ngay từ giao dịch đầu tiên, doanh nghiệp nên có quy trình tiếp nhận và kiểm tra chứng từ thống nhất. Các hồ sơ quan trọng có thể bao gồm hồ sơ pháp lý doanh nghiệp, hồ sơ góp vốn, hợp đồng kinh tế, hóa đơn, chứng từ ngân hàng, bảng lương, hồ sơ tài sản và các chứng từ liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu nếu có.

Đối với giao dịch với công ty mẹ, nhà cung cấp hoặc khách hàng nước ngoài, nên lưu cả hợp đồng, phụ lục, hóa đơn hoặc chứng từ tương đương, hồ sơ nghiệm thu, chứng từ thanh toán và tài liệu chứng minh nội dung giao dịch. Việc chuẩn hóa hồ sơ ngay từ đầu đặc biệt quan trọng đối với các khoản phí dịch vụ, bản quyền, lãi vay hoặc chi phí phân bổ từ tập đoàn.

Phần mềm kế toán cho doanh nghiệp FDI cần đáp ứng gì?

Phần mềm kế toán nên được lựa chọn dựa trên nghiệp vụ thực tế và yêu cầu báo cáo của doanh nghiệp, thay vì chỉ quan tâm đến khả năng nhập phiếu thu, phiếu chi. Với doanh nghiệp FDI, hệ thống nên có khả năng theo dõi ngoại tệ, tỷ giá, công nợ, tài sản cố định, chi phí theo đối tượng và xuất dữ liệu phục vụ báo cáo quản trị.

Nếu công ty mẹ sử dụng một hệ thống ERP riêng, doanh nghiệp cũng cần xác định cách chuyển dữ liệu giữa hệ thống tại Việt Nam và hệ thống tập đoàn. Việc thống nhất mã tài khoản và nguyên tắc mapping từ đầu sẽ giúp giảm đáng kể thời gian xử lý khi lập báo cáo tháng, quý hoặc báo cáo tài chính cuối năm.

• Xem thêm: Kế toán doanh nghiệp FDI liên quan thế nào đến nghĩa vụ thuế?

Thủ tục thuế, hóa đơn cần làm ngay sau khi thành lập

Song song với hệ thống kế toán, doanh nghiệp FDI mới thành lập nên hoàn tất sớm các nghĩa vụ thuế ban đầu:

• Mã số thuế: mã số doanh nghiệp trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế; thông tin đăng ký thuế thực hiện theo Thông tư 90/2026/TT-BTC (hiệu lực 01/07/2026).
• Hóa đơn điện tử: đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP) và Thông tư 32/2025/TT-BTC trước khi phát sinh doanh thu.
• Kỳ khai thuế: xác định kỳ khai thuế GTGT (tháng hoặc quý), tạm nộp thuế TNDN theo quý và khai thuế TNCN khấu trừ từ tiền lương theo quy định của Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 và Thông tư 89/2026/TT-BTC.
• Lệ phí môn bài: đã được bãi bỏ từ 01/01/2026 theo Nghị quyết 198/2025/QH15 và Nghị định 362/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp thành lập từ năm 2026 không phải khai, nộp lệ phí này.
• Ưu đãi đầu tư: rà soát điều kiện ưu đãi thuế TNDN theo ngành nghề, địa bàn ghi trong hồ sơ dự án theo Luật Đầu tư 143/2025/QH15 (hiệu lực 01/03/2026) và Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15, để theo dõi riêng thu nhập được ưu đãi ngay từ năm đầu.

Doanh nghiệp FDI mới thành lập cần thiết lập quy trình kế toán – thuế nào?

Kế toán và thuế nên được xây dựng thành một quy trình liên kết ngay từ khi doanh nghiệp bắt đầu có giao dịch. Không nên đợi đến kỳ khai thuế hoặc cuối năm mới tổng hợp chứng từ, bởi những sai sót như thiếu hóa đơn, sai thời điểm ghi nhận hoặc chưa nhận diện nghĩa vụ thuế có thể rất khó xử lý khi đã phát sinh nhiều kỳ.

Doanh nghiệp nên xác định rõ người chịu trách nhiệm ở từng bước từ tiếp nhận chứng từ, kiểm tra giao dịch, hạch toán, đối chiếu ngân hàng đến lập tờ khai và báo cáo. Đặc biệt, các giao dịch với nước ngoài cần được kiểm tra ngay khi ký hợp đồng để nhận diện sớm các vấn đề có thể liên quan đến thuế nhà thầu, thuế TNCN, giao dịch liên kết hoặc quản lý ngoại hối.

Những việc nên hoàn thiện ngay trong giai đoạn đầu

Thiết lập hệ thống kế toán sớm giúp doanh nghiệp tránh tình trạng hoạt động đã phát sinh nhiều giao dịch nhưng chưa có quy trình ghi nhận thống nhất. Trước khi bước vào kỳ kế toán đầu tiên, doanh nghiệp nên ưu tiên hoàn thiện các nhóm công việc sau:

• Chuẩn hóa hệ thống và phân quyền: Xác định người lập, người kiểm tra và người phê duyệt chứng từ; đồng thời thiết lập tài khoản người dùng trên phần mềm. Phân quyền rõ giúp hạn chế việc sửa dữ liệu không kiểm soát và tạo được dấu vết khi rà soát.
• Chuẩn hóa hồ sơ giao dịch: Xây dựng danh mục chứng từ cần có cho từng nghiệp vụ như mua hàng, bán hàng, thanh toán nước ngoài, góp vốn, vay vốn và trả lương. Khi hồ sơ được chuẩn hóa từ đầu, kế toán sẽ dễ kiểm tra điều kiện ghi nhận và phục vụ quyết toán sau này.
• Thiết lập lịch khóa sổ và báo cáo: Thống nhất thời điểm chốt số liệu hàng tháng với công ty mẹ và các bộ phận nội bộ. Nếu tập đoàn có deadline báo cáo riêng, cần thiết kế lịch kế toán Việt Nam sớm hơn để có đủ thời gian đối chiếu và điều chỉnh.
• Thiết lập cơ chế đối chiếu: Định kỳ đối chiếu số dư ngân hàng, công nợ, vốn góp, giao dịch với công ty mẹ và các tài khoản ngoại tệ. Những chênh lệch phát hiện sớm sẽ dễ xử lý hơn nhiều so với việc dồn toàn bộ vào cuối năm.

Vì sao doanh nghiệp FDI nên xây dựng hệ thống kế toán ngay từ đầu?

Một hệ thống kế toán được thiết lập tốt ngay khi thành lập sẽ tạo nền tảng cho báo cáo tài chính doanh nghiệp FDI, kê khai thuế, kiểm toán và báo cáo cho công ty mẹ. Khi tài khoản, chứng từ và quy trình đã thống nhất, doanh nghiệp có thể kiểm soát được dòng tiền và chi phí thay vì phải điều chỉnh lại dữ liệu sau nhiều tháng hoạt động.

Đặc biệt, các giao dịch với công ty mẹ và bên liên kết nên được thiết kế cách theo dõi ngay từ ngày đầu tiên. Đây là nhóm nghiệp vụ thường có giá trị lớn và liên quan đến nhiều yêu cầu về hồ sơ, thuế và báo cáo, nên việc xây dựng hệ thống đúng từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp giảm đáng kể rủi ro khi rà soát hoặc kiểm toán.

Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp FDI thành lập năm 2026 có được chọn Thông tư 200 không?

Không. Thông tư 200/2014/TT-BTC đã được thay thế bởi Thông tư 99/2025/TT-BTC từ 01/01/2026 (trừ phần liên quan cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước). Doanh nghiệp chọn Thông tư 99, hoặc Thông tư 133/2016/TT-BTC nếu là doanh nghiệp nhỏ và vừa.

Doanh nghiệp FDI mới thành lập có phải kiểm toán BCTC năm đầu không?

Có. Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thuộc đối tượng bắt buộc kiểm toán BCTC năm theo Luật Kiểm toán độc lập và Nghị định 17/2012/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 90/2025/NĐ-CP), kể cả năm tài chính đầu tiên. Nếu năm đầu ngắn hơn 90 ngày, doanh nghiệp có thể cộng vào năm tài chính tiếp theo theo quy định của Luật Kế toán.

Doanh nghiệp FDI mới có cần thuê kế toán trưởng ngay không?

Cần bố trí ngay khi bắt đầu hoạt động kế toán. Nếu chưa tuyển được, doanh nghiệp có thể thuê dịch vụ làm kế toán trưởng từ doanh nghiệp dịch vụ kế toán đủ điều kiện.

Nguồn tham khảo: Luật Kế toán 88/2015/QH13 (sửa đổi bởi Luật 56/2024/QH15); Thông tư 99/2025/TT-BTC, Thông tư 133/2016/TT-BTC; Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Thông tư 89/2026/TT-BTC, Thông tư 90/2026/TT-BTC; Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP); Luật Đầu tư 143/2025/QH15; Nghị định 17/2012/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 90/2025/NĐ-CP) (tra cứu văn bản tại vbpl.vn).