Hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp bỏ trốn: xử lý thế nào

Hóa đơn do doanh nghiệp bỏ trốn lập sau thời điểm cơ quan thuế xác định đơn vị đó không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký là hóa đơn không hợp pháp: bên mua không được khấu trừ thuế GTGT và không được tính vào chi phí được trừ. Với hóa đơn lập trước thời điểm đó, bên mua vẫn có thể được chấp nhận nếu chứng minh giao dịch có thật, thanh toán qua ngân hàng và hàng hóa, dịch vụ đã được sử dụng cho sản xuất, kinh doanh. Nếu không chứng minh được, doanh nghiệp nên chủ động khai bổ sung để hạn chế bị phạt.

Thế nào là doanh nghiệp bỏ trốn?

Trong quản lý thuế, “doanh nghiệp bỏ trốn” thường dùng để chỉ người nộp thuế bị cơ quan thuế xác minh và thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, đồng thời không liên lạc được với người đại diện. Mã số thuế của đơn vị này bị chuyển sang trạng thái tương ứng và hóa đơn của họ bị ngừng sử dụng. Từ 01/07/2025, việc xác minh do Thuế tỉnh, thành phố và Thuế cơ sở thực hiện, thay cho Chi cục Thuế quận, huyện trước đây.

Bước 1: Kiểm tra tình trạng người bán

• Tra cứu tình trạng mã số thuế người bán trên Cổng thông tin của Cục Thuế; chú ý thông tin “không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký” và ngày xác định.
• Tra cứu hóa đơn trên Cổng hóa đơn điện tử để xác nhận hóa đơn có mã hoặc dữ liệu đã chuyển cơ quan thuế.
• Đối chiếu ngành nghề đăng ký của người bán với hàng hóa trên hóa đơn (xem cách làm tại bài tra cứu ngành nghề kinh doanh).

Bước 2: Phân loại hóa đơn theo thời điểm lập

Bước 3: Chuẩn bị hồ sơ chứng minh giao dịch có thật

Hồ sơ càng đầy đủ, khả năng được chấp nhận càng cao:

1. Hợp đồng, đơn đặt hàng, biên bản giao nhận, nghiệm thu.
2. Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt tới đúng tài khoản người bán. Hàng hóa, dịch vụ mua từ 5 triệu đồng (gồm thuế) bắt buộc phải có chứng từ này mới được khấu trừ thuế GTGT và tính chi phí.
3. Phiếu nhập kho, chứng từ vận chuyển, nhật ký sử dụng hàng hóa, dịch vụ.
4. Bằng chứng hàng hóa đã đi vào sản xuất hoặc đã bán ra (hóa đơn đầu ra tương ứng).

Nếu cơ quan thuế xác định doanh nghiệp biết hoặc tham gia mua hóa đơn khống, vụ việc có thể chuyển sang hướng xử lý hình sự; nội dung này phân tích tại bài mua bán hóa đơn trái phép.

Bước 4: Khai bổ sung và hệ quả tài chính

• Thời hạn: theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (hiệu lực 01/07/2026), người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ trong 5 năm kể từ hạn nộp của kỳ có sai sót.
• Tiền chậm nộp: 0,03%/ngày trên số thuế phải nộp tăng thêm.
• Tiền phạt: nếu tự phát hiện và khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thì không bị phạt hành vi khai sai (chỉ nộp tiền chậm nộp); ngược lại có thể bị phạt 20% số thuế thiếu theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP.

Câu hỏi thường gặp

Đã thanh toán qua ngân hàng thì hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn có chắc được chấp nhận?

Không chắc. Thanh toán qua ngân hàng là điều kiện cần, nhưng nếu hóa đơn lập sau ngày bị xác định bỏ trốn thì vẫn không hợp pháp. Với hóa đơn lập trước, cần thêm chứng cứ hàng hóa, dịch vụ thực tế.

Làm sao phòng ngừa từ đầu?

Thẩm định nhà cung cấp mới, kiểm tra tình trạng mã số thuế định kỳ, chỉ thanh toán vào tài khoản đứng tên người bán và lưu đầy đủ chứng từ giao nhận.

Nguồn tham khảo: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15; Nghị định 123/2020/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP; Thông tư 32/2025/TT-BTC; Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15; Nghị định 125/2020/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP. Tra cứu tại vbpl.vn.

Cẩm nang liên quan: Tổng hợp nghĩa vụ, lịch kê khai và điểm mới về thuế tại Cẩm nang thuế doanh nghiệp 2026.