Phần lớn thuế, phí, lệ phí doanh nghiệp nộp cho hoạt động sản xuất, kinh doanh được tính vào chi phí được trừ, nhưng có năm nhóm không được trừ: thuế TNDN của chính doanh nghiệp, thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ hoặc đã hoàn, thuế TNCN khấu trừ từ thu nhập người lao động, tiền phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp thuế. Nguyên tắc này được kế thừa trong Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15; chi tiết từng trường hợp doanh nghiệp đối chiếu Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
Nguyên tắc chung: thuế, phí nào được trừ?
Một khoản thuế, phí được tính vào chi phí khi đáp ứng điều kiện chung của khoản chi được trừ: thực tế phát sinh, liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh, có chứng từ nộp ngân sách hoặc hóa đơn, chứng từ hợp pháp. Bản chất của khoản thuế quyết định nó là chi phí hay là nghĩa vụ “đi qua” doanh nghiệp:
- Doanh nghiệp là người chịu thuế cuối cùng → thường được trừ (ví dụ thuế nhập khẩu, thuế tài nguyên, thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, tiền thuê đất, phí, lệ phí).
- Doanh nghiệp chỉ thu hộ, khấu trừ hộ hoặc được hoàn lại → không phải chi phí (thuế GTGT đầu ra, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, thuế TNCN khấu trừ của người lao động).
- Khoản nộp mang tính chế tài → không được trừ (tiền phạt vi phạm hành chính, tiền chậm nộp).
Bảng phân loại các khoản thuế, phí thường gặp
| Khoản thuế, phí | Được trừ? | Ghi chú |
|---|---|---|
| Thuế xuất khẩu, nhập khẩu, tiêu thụ đặc biệt, bảo vệ môi trường, tài nguyên | Có | Hạch toán vào giá vốn hoặc chi phí tương ứng |
| Thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, tiền thuê đất | Có | Tiền thuê đất trả trước phân bổ theo thời gian thuê |
| Phí, lệ phí (trước bạ, đường bộ, hải quan…) | Có | Lệ phí trước bạ tài sản cố định tính vào nguyên giá |
| Lệ phí môn bài năm 2025 | Có (năm 2025) | Bãi bỏ từ 01/01/2026 |
| Thuế TNDN của doanh nghiệp | Không | Kể cả thuế TNDN nộp cho hoạt động chuyển nhượng |
| Thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ hoặc đã hoàn | Không | Đã được bù trừ với thuế đầu ra |
| Thuế TNCN khấu trừ từ thu nhập người lao động | Không | Đã nằm trong tiền lương được trừ |
| Tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính | Không | Gồm phạt về thuế, hóa đơn, giao thông, lao động… |
Những trường hợp dễ nhầm
Thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ
Khi doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào vì phục vụ hoạt động không chịu thuế, phần thuế này được tính vào nguyên giá tài sản hoặc chi phí. Ngược lại, nếu không được khấu trừ vì vi phạm điều kiện (ví dụ khoản mua từ 5 triệu đồng không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt), thì bản thân khoản chi cũng không đủ điều kiện tính chi phí, nên phần thuế đi kèm cũng bị loại.
Thuế TNCN doanh nghiệp nộp thay (lương net)
Khi hợp đồng lao động thỏa thuận trả lương không bao gồm thuế và doanh nghiệp nộp thay thuế TNCN, khoản thuế này được xem là một phần tiền lương. Doanh nghiệp cần quy đổi thu nhập ra thu nhập trước thuế để tính thuế TNCN và chỉ tính vào chi phí khi điều khoản được ghi rõ trong hợp đồng hoặc quy chế lương.
Lệ phí môn bài sau khi bãi bỏ
Từ 01/01/2026, lệ phí môn bài được bãi bỏ theo Nghị quyết 198/2025/QH15 và Nghị định 362/2025/NĐ-CP; lệ phí năm 2025 vẫn phải nộp và được tính vào chi phí năm 2025. Cách xử lý số dư xem tại bài lệ phí môn bài đã bãi bỏ từ 2026.
Danh mục đầy đủ các khoản chi không được trừ khác (ngoài thuế, phí) được tổng hợp tại bài các khoản chi phí không được trừ khi tính thuế TNDN 2026.
Câu hỏi thường gặp
Tiền phạt vi phạm hợp đồng kinh tế có được trừ không?
Đây không phải tiền phạt vi phạm hành chính. Khoản phạt hợp đồng có căn cứ theo hợp đồng, biên bản thỏa thuận và chứng từ thanh toán thường được xem xét tính vào chi phí; doanh nghiệp nên đối chiếu Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
Tiền chậm nộp thuế có được hạch toán vào chi phí không?
Được hạch toán vào chi phí khác trên sổ kế toán, nhưng phải loại ra (điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế) khi quyết toán thuế TNDN.
Nguồn tham khảo: Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15; Nghị định 320/2025/NĐ-CP; Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 sửa đổi bởi Luật 149/2025/QH15; Nghị quyết 198/2025/QH15; Nghị định 362/2025/NĐ-CP. Tra cứu tại vbpl.vn.
Cần hỗ trợ ngay? Hãng Kiểm toán AMA cung cấp dịch vụ quyết toán thuế trọn gói. Trụ sở: Tầng 2, Tòa nhà 37 Bà Triệu, phường Cửa Nam, Hà Nội · Hotline 0843 339 444 · info@amagroup.vn.
