Hóa đơn và chứng từ kế toán doanh nghiệp FDI cần quản lý thế nào?

Doanh nghiệp FDI cần quản lý hóa đơn, chứng từ theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP), Thông tư 32/2025/TT-BTC và Luật Kế toán, theo nguyên tắc mỗi giao dịch có một bộ hồ sơ hoàn chỉnh, khớp với sổ kế toán, tờ khai thuế và báo cáo tập đoàn. Các nhóm cần kiểm soát kỹ là hóa đơn đầu vào, chứng từ xuất nhập khẩu, chứng từ dịch vụ từ công ty mẹ, chứng từ ngoại tệ và hồ sơ tài sản cố định.

Hóa đơn và chứng từ kế toán doanh nghiệp FDI cần được quản lý thống nhất từ khi phát sinh giao dịch đến khi lưu trữ và sử dụng cho báo cáo tài chính, thuế, kiểm toán hoặc báo cáo tập đoàn. Ngoài các yêu cầu chung về hóa đơn, chứng từ tại Việt Nam, doanh nghiệp FDI thường phát sinh thêm giao dịch nhập khẩu, xuất khẩu, thanh toán quốc tế, giao dịch với công ty mẹ và các khoản bằng ngoại tệ. Vì vậy, quy trình quản lý cần bảo đảm đầy đủ hồ sơ, thống nhất số liệu và có khả năng truy xuất khi cần kiểm tra hoặc giải trình.

Doanh nghiệp FDI cần quản lý hóa đơn và chứng từ theo nguyên tắc nào?

Doanh nghiệp FDI phải tổ chức lập, tiếp nhận, kiểm tra, hạch toán và lưu trữ hóa đơn, chứng từ theo quy định kế toán và thuế đang áp dụng tại Việt Nam. Chứng từ là căn cứ trực tiếp để ghi nhận nghiệp vụ vào sổ kế toán, vì vậy thông tin trên hóa đơn cần phù hợp với hợp đồng, giao dịch thực tế và các tài liệu liên quan. Với hóa đơn điện tử, doanh nghiệp cũng cần bảo đảm dữ liệu được lưu trữ đầy đủ để có thể tra cứu và xuất trình khi cần.

Bên cạnh yêu cầu tuân thủ trong nước, doanh nghiệp FDI còn phải đáp ứng yêu cầu kiểm soát nội bộ của công ty mẹ hoặc tập đoàn. Một giao dịch có thể đồng thời được sử dụng cho hạch toán tại Việt Nam, báo cáo thuế, báo cáo tài chính và báo cáo tập đoàn, nên việc lưu trữ riêng lẻ theo từng mục đích dễ dẫn đến thiếu hoặc lệch hồ sơ. Tốt hơn hết, doanh nghiệp nên xây dựng một bộ hồ sơ hoàn chỉnh cho từng giao dịch quan trọng và quy định rõ cách lưu trữ, phân quyền truy cập.

Quy định hóa đơn, chứng từ hiện hành doanh nghiệp FDI cần nắm

Khung pháp lý về hóa đơn hiện nay là Nghị định 123/2020/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC (thay Thông tư 78/2021/TT-BTC), cùng áp dụng từ 01/06/2025. Một số điểm ảnh hưởng trực tiếp tới doanh nghiệp FDI:

• Xử lý sai sót: bỏ thao tác hủy hóa đơn điện tử đã gửi người mua; sai sót được xử lý bằng hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế, với người mua là tổ chức cần có văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai.
• Thời điểm lập hóa đơn xuất khẩu: chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày hàng hóa được thông quan; bổ sung quy định riêng cho vận tải, ngân hàng, bảo hiểm.
• Thanh toán không dùng tiền mặt: hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng (đã gồm thuế GTGT) phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào; khoản chi từ 5 triệu đồng cũng cần điều kiện này để được trừ khi tính thuế TNDN theo Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
• Xử phạt: theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP và Nghị định 310/2025/NĐ-CP), lập hóa đơn không đúng thời điểm có thể bị phạt 4–8 triệu đồng, không lập hóa đơn khi bán hàng có thể bị phạt 15–30 triệu đồng; quy định mới bỏ cách phạt theo từng số hóa đơn.

Với dịch vụ do công ty mẹ hoặc nhà cung cấp nước ngoài cung cấp (không có hóa đơn Việt Nam), bộ chứng từ thường gồm hợp đồng, invoice, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, tài liệu chứng minh dịch vụ và tờ khai, chứng từ nộp thuế nhà thầu. Về lưu trữ, Luật Kế toán 88/2015/QH13 và văn bản hướng dẫn yêu cầu chứng từ kế toán dùng trực tiếp để ghi sổ và lập BCTC được lưu trữ tối thiểu 10 năm, kể cả dữ liệu hóa đơn điện tử.

Hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp FDI cần kiểm tra những gì?

Hóa đơn đầu vào cần được kiểm tra trước khi ghi nhận vào hệ thống kế toán và sử dụng cho mục đích thuế. Doanh nghiệp nên đối chiếu thông tin người bán, người mua, nội dung hàng hóa hoặc dịch vụ, giá trị, thuế suất và thời điểm lập hóa đơn với hợp đồng và giao dịch thực tế. Những hóa đơn có thông tin bất thường, sai lệch hoặc không phù hợp với hồ sơ giao dịch cần được xử lý sớm thay vì để đến thời điểm quyết toán mới rà soát.

Với doanh nghiệp FDI, việc kiểm tra còn quan trọng ở các khoản chi phí phát sinh từ công ty mẹ hoặc nhà cung cấp nước ngoài. Các khoản phí quản lý, dịch vụ kỹ thuật, bản quyền hoặc dịch vụ xuyên biên giới cần được xem xét đồng thời về hợp đồng, hóa đơn/chứng từ, thanh toán và nghĩa vụ thuế liên quan. Cách kiểm tra này giúp hạn chế tình trạng khoản chi đã được ghi nhận trên sổ nhưng hồ sơ thuế hoặc hồ sơ giải trình lại không đầy đủ.

Hóa đơn điện tử nên được lưu trữ như thế nào?

Doanh nghiệp cần xây dựng hệ thống lưu trữ bảo đảm dữ liệu hóa đơn điện tử có thể được truy xuất trong suốt thời gian lưu trữ theo quy định. Đối với hóa đơn điện tử, cần quản lý đầy đủ dữ liệu điện tử gốc và các thông tin cần thiết để kiểm tra tính toàn vẹn của hóa đơn. Việc chỉ lưu một bản PDF để xem nhanh mà không quản lý dữ liệu điện tử cần thiết có thể gây khó khăn khi doanh nghiệp phải kiểm tra hoặc cung cấp hồ sơ.

Hệ thống lưu trữ cũng nên được tổ chức theo năm, loại giao dịch, nhà cung cấp hoặc khách hàng và mã chứng từ để kế toán có thể tìm kiếm nhanh. Doanh nghiệp FDI có thể sử dụng phần mềm kế toán, ERP hoặc hệ thống lưu trữ điện tử tập trung, nhưng cần phân quyền rõ người được truy cập, chỉnh sửa hoặc tải dữ liệu. Đồng thời, doanh nghiệp nên có cơ chế sao lưu để hạn chế rủi ro mất dữ liệu khi thay đổi hệ thống hoặc nhân sự.

Chứng từ nhập khẩu và xuất khẩu cần quản lý ra sao?

Các giao dịch xuất nhập khẩu thường có nhiều loại hồ sơ hơn giao dịch mua bán trong nước. Ngoài hóa đơn thương mại, doanh nghiệp có thể phải quản lý hợp đồng ngoại thương, packing list, vận đơn, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán và các tài liệu liên quan đến quá trình giao nhận. Các hồ sơ này cần được liên kết với chứng từ kế toán để có thể xác định đầy đủ giá trị hàng hóa, thời điểm ghi nhận và các khoản chi phí liên quan.

Đối với hàng xuất khẩu, doanh nghiệp cần đặc biệt chú ý đến sự thống nhất giữa hợp đồng, hóa đơn, tờ khai hải quan, chứng từ giao hàng và thanh toán. Với hàng nhập khẩu, kế toán cần đối chiếu hồ sơ hải quan với invoice, tỷ giá và các khoản chi phí liên quan để xác định đúng giá trị ghi nhận. Nếu doanh nghiệp phát sinh nhiều giao dịch quốc tế, nên xây dựng mã hồ sơ riêng cho từng lô hàng để thuận tiện kiểm tra từ chứng từ gốc đến sổ kế toán.

• Hồ sơ hợp đồng: Lưu hợp đồng mua bán, phụ lục và các thỏa thuận liên quan để xác định điều kiện giao dịch, giá trị và trách nhiệm của các bên.
• Hồ sơ hàng hóa: Lưu invoice, packing list, vận đơn, tờ khai hải quan và các chứng từ giao nhận để đối chiếu hàng hóa thực tế với số liệu kế toán.
• Hồ sơ thanh toán: Lưu chứng từ chuyển tiền, sao kê ngân hàng và tài liệu liên quan đến thanh toán quốc tế. Các khoản thanh toán bằng ngoại tệ cần được đối chiếu với số liệu nguyên tệ và tỷ giá sử dụng.
• Hồ sơ hạch toán: Liên kết các chứng từ trên với phiếu kế toán, bút toán ghi nhận hàng tồn kho, công nợ và các chi phí liên quan để có thể truy xuất từ sổ sách về chứng từ gốc.

Chứng từ giao dịch với công ty mẹ cần lưu ý gì?

Các khoản giao dịch với công ty mẹ thường cần được quản lý chặt chẽ hơn do có thể đồng thời liên quan đến kế toán, thuế, giao dịch liên kết và báo cáo tập đoàn. Những khoản phí dịch vụ, tiền bản quyền, khoản vay, lãi vay hoặc mua bán hàng hóa với công ty mẹ cần có hồ sơ thể hiện rõ bản chất và điều kiện của giao dịch. Số liệu trên chứng từ cũng cần thống nhất với số liệu mà doanh nghiệp sử dụng khi kê khai và lập báo cáo.

Đối với các khoản dịch vụ xuyên biên giới, doanh nghiệp nên lưu trữ hợp đồng, invoice hoặc chứng từ tương ứng, tài liệu thể hiện nội dung dịch vụ và chứng từ thanh toán. Việc này giúp kế toán có đủ cơ sở ghi nhận nghiệp vụ và phối hợp với bộ phận thuế khi xem xét các nghĩa vụ phát sinh. Đối với giao dịch liên kết, dữ liệu chứng từ cũng cần được tổng hợp để phục vụ việc kê khai và lập hồ sơ theo quy định nếu doanh nghiệp thuộc diện áp dụng.

Chứng từ kế toán bằng ngoại tệ xử lý thế nào?

Doanh nghiệp FDI thường phát sinh các khoản thu, chi và công nợ bằng USD hoặc ngoại tệ khác nên chứng từ cần thể hiện đầy đủ thông tin để kế toán có thể xác định giá trị giao dịch và thực hiện quy đổi theo quy định. Khi ghi nhận nghiệp vụ, doanh nghiệp cần áp dụng đúng nguyên tắc về tỷ giá và theo dõi giá trị nguyên tệ đối với các khoản mục có liên quan.

Đặc biệt, không nên chỉ lưu số tiền sau quy đổi mà bỏ qua thông tin nguyên tệ và tỷ giá sử dụng. Khi đối chiếu với ngân hàng, công ty mẹ hoặc kiểm toán, kế toán cần có khả năng giải thích cách hình thành số liệu VND và các chênh lệch phát sinh. Việc quản lý thống nhất từ chứng từ gốc đến sổ kế toán cũng giúp giảm sai lệch khi doanh nghiệp phải lập báo cáo theo đồng tiền của tập đoàn.

Chứng từ tài sản cố định cần quản lý ra sao?

Tài sản cố định nên được lập thành hồ sơ riêng cho từng tài sản để theo dõi xuyên suốt từ thời điểm mua sắm, đưa vào sử dụng đến khi thanh lý hoặc nhượng bán. Hồ sơ có thể bao gồm hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, biên bản bàn giao, hồ sơ nghiệm thu, chứng từ ghi tăng và bảng tính khấu hao. Với tài sản nhập khẩu hoặc tài sản được công ty mẹ chuyển giao, hồ sơ cần bổ sung các chứng từ phù hợp với nguồn gốc và hình thức hình thành tài sản.

Việc lập hồ sơ riêng giúp kế toán dễ dàng xác định nguyên giá, thời điểm bắt đầu khấu hao và tình trạng của từng tài sản. Đồng thời, khi kiểm toán hoặc cơ quan quản lý yêu cầu kiểm tra, doanh nghiệp có thể nhanh chóng cung cấp đầy đủ căn cứ cho số liệu đang được phản ánh trên báo cáo tài chính. Những tài sản có giá trị lớn hoặc liên quan đến giao dịch với công ty mẹ càng cần được kiểm soát hồ sơ ngay từ khi phát sinh.

Làm thế nào để hạn chế sai sót khi quản lý hóa đơn và chứng từ FDI?

Quản lý hóa đơn và chứng từ hiệu quả không chỉ là lưu đủ giấy tờ mà còn phải bảo đảm tính liên kết giữa chứng từ – sổ kế toán – báo cáo thuế – báo cáo tài chính. Doanh nghiệp nên thiết lập quy trình kiểm tra ngay khi chứng từ được tiếp nhận, quy định rõ người chịu trách nhiệm và thời điểm hoàn tất hồ sơ. Với doanh nghiệp có nhiều giao dịch xuyên biên giới, quy trình này càng cần được chuẩn hóa để tránh phụ thuộc vào kinh nghiệm của từng nhân sự.

Một số nội dung nên được kiểm soát thường xuyên gồm:

• Kiểm tra chứng từ ngay khi phát sinh: Không chờ đến cuối tháng hoặc cuối năm mới kiểm tra hóa đơn, hợp đồng và thanh toán. Những sai sót về thông tin hoặc hồ sơ cần được xử lý càng sớm càng tốt.
• Đối chiếu giữa các hệ thống: Kiểm tra sự thống nhất giữa phần mềm kế toán, ERP, hệ thống hóa đơn điện tử và báo cáo quản trị của tập đoàn. Nếu có chênh lệch, cần xác định nguyên nhân và lưu lại cách xử lý.
• Phân loại hồ sơ theo giao dịch: Các giao dịch nhập khẩu, xuất khẩu, giao dịch liên kết, tài sản cố định và dịch vụ từ nước ngoài nên có cấu trúc lưu trữ riêng để dễ truy xuất.
• Kiểm soát quyền truy cập: Phân quyền người lập, kiểm tra, phê duyệt và khai thác chứng từ trên hệ thống. Dữ liệu quan trọng cần được sao lưu và có phương án phục hồi khi xảy ra sự cố.
• Rà soát định kỳ: Đối chiếu hóa đơn, chứng từ và số liệu kế toán theo tháng hoặc quý để phát hiện sớm các giao dịch thiếu hồ sơ. Việc rà soát định kỳ sẽ giảm đáng kể áp lực khi lập báo cáo tài chính và quyết toán thuế cuối năm.

Câu hỏi thường gặp

Năm 2026 doanh nghiệp FDI còn được hủy hóa đơn điện tử đã lập sai không?

Không. Từ 01/06/2025, theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, hóa đơn điện tử đã gửi người mua có sai sót được xử lý bằng hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế; nếu người mua là tổ chức, hai bên lập văn bản thỏa thuận về sai sót trước khi lập hóa đơn mới.

Dịch vụ mua từ công ty mẹ ở nước ngoài không có hóa đơn GTGT thì có được tính vào chi phí không?

Có thể được trừ nếu có hợp đồng, invoice, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, tài liệu chứng minh dịch vụ thực tế và doanh nghiệp đã kê khai, nộp thuế nhà thầu theo quy định; đồng thời giao dịch phải đáp ứng nguyên tắc giao dịch độc lập nếu là giao dịch liên kết.

Nguồn tham khảo: Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP); Thông tư 32/2025/TT-BTC; Luật Kế toán 88/2015/QH13 (sửa đổi bởi Luật 56/2024/QH15); Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (đã sửa đổi); Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15, Nghị định 320/2025/NĐ-CP; Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP, Nghị định 310/2025/NĐ-CP) (tra cứu văn bản tại vbpl.vn).