Các vấn đề thường gặp khi kiểm toán doanh nghiệp FDI

Các vấn đề thường gặp nhất khi kiểm toán doanh nghiệp FDI là giao dịch liên kết, tỷ giá, hàng tồn kho, khác biệt VAS với chính sách tập đoàn, thuế nhà thầu – thuế TNCN và kiểm soát hệ thống ERP. Từ năm 2026, kiểm toán viên còn tập trung vào việc chuyển đổi sang Thông tư 99/2025/TT-BTC và tác động của thuế tối thiểu toàn cầu đối với công ty con của tập đoàn lớn.

Các vấn đề thường gặp khi kiểm toán doanh nghiệp FDI thường xuất phát từ đặc thù hoạt động xuyên biên giới, giao dịch với công ty mẹ và việc áp dụng đồng thời chính sách kế toán của tập đoàn với quy định tại Việt Nam. Những sai sót về giao dịch liên kết, ngoại tệ, hàng tồn kho, thuế hoặc phân quyền hệ thống có thể ảnh hưởng trực tiếp đến số liệu báo cáo tài chính. Vì vậy, doanh nghiệp cần nhận diện các điểm dễ phát sinh sai lệch để chủ động rà soát trước khi bước vào kỳ kiểm toán.

Các vấn đề thường gặp khi kiểm toán doanh nghiệp FDI là gì?

Kiểm toán doanh nghiệp FDI thường có phạm vi kiểm tra rộng do doanh nghiệp vừa phải đáp ứng quy định tại Việt Nam vừa có thể chịu yêu cầu báo cáo từ công ty mẹ ở nước ngoài. Những khác biệt về chính sách kế toán, hệ thống ERP, đồng tiền giao dịch và phương thức quản lý tập đoàn có thể tạo ra chênh lệch giữa dữ liệu nội bộ và báo cáo tài chính. Bên cạnh đó, các giao dịch xuyên biên giới cũng khiến kiểm toán viên cần xem xét kỹ hơn về bản chất và hồ sơ đi kèm.

Giao dịch liên kết và chuyển giá có vấn đề gì khi kiểm toán?

Giao dịch liên kết là một trong những nội dung thường được chú ý khi kiểm toán doanh nghiệp FDI do nhiều doanh nghiệp có giao dịch mua bán, vay vốn hoặc sử dụng dịch vụ từ công ty mẹ. Các khoản phí quản lý, phí bản quyền và dịch vụ nội bộ cần được kiểm tra về hợp đồng, số tiền ghi nhận và căn cứ xác định chi phí. Nếu hồ sơ không thể hiện rõ bản chất giao dịch hoặc lợi ích mà doanh nghiệp nhận được, việc giải trình có thể gặp khó khăn.

Một vấn đề khác là sự thiếu đồng bộ giữa số liệu kế toán và hồ sơ quản lý giao dịch liên kết. Doanh nghiệp có thể ghi nhận đầy đủ chi phí trên sổ sách nhưng chưa cập nhật hoặc đối chiếu tương ứng trong hồ sơ thuế. Vì vậy, các khoản giao dịch với bên liên kết nên được tổng hợp riêng và kiểm tra trước khi lập báo cáo tài chính.

Với khoản vay từ công ty mẹ hoặc bên liên kết, kiểm toán viên cũng thường đối chiếu cách doanh nghiệp xác định chi phí lãi vay được trừ khi tính thuế TNDN: tổng chi phí lãi vay thuần được trừ không vượt 30% lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh cộng chi phí lãi vay thuần và khấu hao, phần vượt được chuyển sang kỳ sau tối đa 5 năm (Nghị định 132/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP).

Chênh lệch tỷ giá và ngoại tệ dễ phát sinh sai sót nào?

Doanh nghiệp FDI thường phát sinh nhiều khoản tiền gửi, công nợ, khoản vay và giao dịch mua bán bằng ngoại tệ nên việc xử lý tỷ giá là nội dung cần được kiểm soát. Sai sót có thể xuất hiện khi kế toán áp dụng không nhất quán tỷ giá giao dịch hoặc xử lý chưa phù hợp đối với các khoản mục tiền tệ có gốc ngoại tệ. Những chênh lệch này có thể ảnh hưởng đến doanh thu, chi phí, công nợ và lợi nhuận cuối kỳ.

Khi kiểm toán, các khoản mục ngoại tệ thường được đối chiếu với chứng từ ngân hàng, hợp đồng và số dư công nợ thực tế. Doanh nghiệp cần đảm bảo việc đánh giá lại cuối kỳ được thực hiện đúng đối với các khoản mục thuộc phạm vi phải đánh giá lại. Việc lập bảng theo dõi riêng cho từng loại ngoại tệ cũng giúp kế toán dễ phát hiện chênh lệch và giải thích biến động khi cần.

Hàng tồn kho của doanh nghiệp FDI thường gặp vấn đề gì?

Hàng tồn kho là khoản mục đáng chú ý đối với doanh nghiệp FDI sản xuất, đặc biệt khi nguyên vật liệu hoặc thành phẩm được nhập khẩu từ công ty mẹ và nhà cung cấp nước ngoài. Rủi ro thường liên quan đến chênh lệch giữa số lượng thực tế và sổ sách, hàng tồn kho chậm luân chuyển hoặc giá trị hàng tồn kho không còn phù hợp. Những vấn đề này có thể ảnh hưởng trực tiếp đến giá vốn và lợi nhuận được trình bày trên báo cáo tài chính.

Doanh nghiệp nên tổ chức kiểm kê cuối kỳ và lập biên bản đầy đủ cho những chênh lệch phát sinh. Đối với hàng lỗi thời, hư hỏng hoặc chậm luân chuyển, cần đánh giá khả năng thu hồi và việc trích lập dự phòng theo quy định áp dụng. Với doanh nghiệp sản xuất, kiểm toán viên cũng có thể quan tâm đến phương pháp tính giá thành và việc phân bổ chi phí sản xuất vào hàng tồn kho.

• Dịch vụ bạn cần: Hồ sơ giao dịch liên kết: Chi phí, Quy định & Hồ sơ

Khác biệt giữa VAS và IFRS hoặc GAAP ảnh hưởng thế nào?

Doanh nghiệp FDI có thể phải lập báo cáo tài chính theo quy định kế toán tại Việt Nam trong khi công ty mẹ yêu cầu báo cáo theo IFRS, GAAP hoặc chính sách kế toán tập đoàn. Sự khác biệt về nguyên tắc ghi nhận và trình bày có thể khiến một số khoản mục được xử lý khác nhau giữa hai hệ thống. Nếu không có bảng đối chiếu và tài liệu giải thích, kế toán dễ nhầm lẫn giữa báo cáo pháp lý tại Việt Nam và báo cáo phục vụ tập đoàn.

• Khấu hao tài sản cố định: Cần kiểm tra chính sách khấu hao áp dụng tại Việt Nam và cách điều chỉnh khi báo cáo theo tập đoàn.
• Ghi nhận doanh thu: Đối chiếu thời điểm ghi nhận với điều kiện giao hàng, nghiệm thu và hoàn thành nghĩa vụ.
• Chi phí và trích trước: Kiểm tra căn cứ ghi nhận, thời điểm phân bổ và khả năng được chấp nhận theo quy định.
• Các khoản điều chỉnh tập đoàn: Lưu lại bảng đối chiếu để giải thích chênh lệch giữa báo cáo Việt Nam và báo cáo quản trị.

Doanh nghiệp không nên xem mọi chênh lệch giữa VAS và chính sách tập đoàn là sai sót kế toán. Điều quan trọng là xác định rõ báo cáo nào được lập theo yêu cầu pháp lý tại Việt Nam và những điều chỉnh nào chỉ phục vụ mục đích báo cáo nội bộ. Hồ sơ đối chiếu đầy đủ sẽ giúp kiểm toán viên hiểu được nguyên nhân chênh lệch và hạn chế việc giải thích lại nhiều lần.

Thuế nhà thầu và thuế TNCN thường phát sinh sai sót gì?

Các khoản thanh toán cho nhà cung cấp, chuyên gia hoặc đơn vị dịch vụ ở nước ngoài có thể làm phát sinh nghĩa vụ thuế nhà thầu tùy thuộc vào bản chất giao dịch và điều kiện áp dụng. Rủi ro thường gặp là doanh nghiệp chưa xác định đúng bản chất khoản thanh toán hoặc bỏ sót nghĩa vụ thuế đối với phần dịch vụ được cung cấp từ nước ngoài. Những khoản như phần mềm, bản quyền, tư vấn hoặc dịch vụ kỹ thuật cần được kiểm tra kỹ trước khi ghi nhận chi phí.

Đối với chuyên gia nước ngoài, kiểm toán có thể xem xét sự thống nhất giữa hợp đồng lao động, bảng lương, hồ sơ cư trú và các khoản phúc lợi do doanh nghiệp hoặc tập đoàn chi trả. Các khoản nhà ở, vé máy bay, phụ cấp và thu nhập do bên nước ngoài thanh toán cần được xác định và xử lý phù hợp theo quy định thuế TNCN. Nếu dữ liệu nhân sự và kế toán không thống nhất, doanh nghiệp có thể phải giải trình thêm về chi phí và nghĩa vụ thuế liên quan.

Hệ thống kiểm soát nội bộ và ERP có thể gặp vấn đề gì?

Nhiều doanh nghiệp FDI sử dụng hệ thống ERP toàn cầu do tập đoàn thiết lập, chẳng hạn các hệ thống quản trị tài chính và kế toán tích hợp. Việc sử dụng chung hệ thống giúp chuẩn hóa dữ liệu nhưng cũng có thể tạo ra rủi ro nếu quyền truy cập được phân bổ quá rộng hoặc quy trình phê duyệt chưa phù hợp với hoạt động tại Việt Nam. Kiểm toán viên thường cần hiểu cách dữ liệu được tạo lập, phê duyệt, điều chỉnh và chuyển sang báo cáo tài chính.

• Phân quyền người dùng: Kiểm tra quyền truy cập và đảm bảo nhiệm vụ nhập liệu, phê duyệt và kiểm tra được phân tách phù hợp.
• Bút toán điều chỉnh cuối kỳ: Xác định người lập, người phê duyệt và lý do của các bút toán thủ công.
• Audit trail: Đảm bảo hệ thống có khả năng lưu dấu vết đối với những thay đổi quan trọng.
• Đối chiếu dữ liệu: Kiểm tra số liệu từ ERP với sổ kế toán và báo cáo tài chính cuối kỳ.

Đặc biệt, các bút toán điều chỉnh được thực hiện trực tiếp vào cuối kỳ cần có căn cứ và phê duyệt phù hợp. Nếu hệ thống không lưu đầy đủ lịch sử thay đổi, việc truy xuất nguyên nhân của một khoản điều chỉnh có thể mất nhiều thời gian. Doanh nghiệp nên kiểm tra định kỳ quyền truy cập và quy trình kiểm soát ERP để hạn chế rủi ro sai sót hoặc điều chỉnh số liệu không có đầy đủ bằng chứng.

Những vấn đề mới khi kiểm toán doanh nghiệp FDI từ năm 2026

Bên cạnh các vấn đề truyền thống, kỳ kiểm toán năm tài chính 2026 có thêm một số điểm kiểm toán viên sẽ tập trung:

• Chuyển đổi sang Thông tư 99/2025/TT-BTC: kiểm tra việc chuyển số dư đầu năm từ hệ thống tài khoản theo Thông tư 200/2014/TT-BTC, cách trình bày lại số liệu so sánh trên Báo cáo tình hình tài chính và Báo cáo kết quả hoạt động toàn diện, cùng các thuyết minh về thay đổi chính sách kế toán.
• Thuế tối thiểu toàn cầu: với công ty con của tập đoàn có doanh thu hợp nhất từ 750 triệu EUR, kiểm toán viên xem xét việc ước tính và ghi nhận chi phí thuế TNDN bổ sung (TK 82112 theo Thông tư 99) theo Nghị quyết 107/2023/QH15 và Nghị định 236/2025/NĐ-CP.
• Chi phí được trừ theo luật mới: Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP áp dụng từ kỳ tính thuế 2025 ảnh hưởng đến chi phí thuế hiện hành, thuế hoãn lại và số thuế phải nộp trình bày trên BCTC.
• Tiền lương, thuế TNCN: Luật Thuế TNCN 109/2025/QH15 áp dụng cho thu nhập từ tiền lương, tiền công từ kỳ tính thuế 2026, với mức giảm trừ gia cảnh mới theo Nghị quyết 110/2025/UBTVQH15.

Doanh nghiệp FDI nên chuẩn bị gì trước kỳ kiểm toán?

Chuẩn bị trước kỳ kiểm toán giúp doanh nghiệp chủ động xử lý những khoản mục có khả năng phát sinh vấn đề thay vì chờ kiểm toán viên yêu cầu bổ sung. Các nhóm cần ưu tiên thường là giao dịch liên kết, ngoại tệ, hàng tồn kho, công nợ, tài sản cố định, thuế và những khoản chi phí lớn với công ty mẹ. Việc kiểm tra trước cũng giúp kế toán phát hiện sự không thống nhất giữa sổ sách Việt Nam và báo cáo của tập đoàn.

Doanh nghiệp nên lập danh sách các khoản mục trọng yếu và đối chiếu với chứng từ gốc trước khi bàn giao hồ sơ. Những giao dịch phức tạp hoặc có biến động bất thường nên chuẩn bị sẵn bảng tổng hợp và tài liệu giải thích nguyên nhân. Cách làm này giúp kiểm toán viên tiếp cận thông tin nhanh hơn, đồng thời giảm thời gian doanh nghiệp phải bổ sung hồ sơ trong quá trình kiểm toán.

Trao đổi về các vấn đề khi kiểm toán doanh nghiệp FDI

Các vấn đề thường gặp khi kiểm toán doanh nghiệp FDI tập trung nhiều vào giao dịch liên kết, ngoại tệ, hàng tồn kho, khác biệt chính sách kế toán, thuế và kiểm soát hệ thống. Đây đều là những nội dung có thể ảnh hưởng trực tiếp đến tính chính xác của báo cáo tài chính và quá trình giải trình. Chủ động rà soát trước kỳ kiểm toán sẽ giúp doanh nghiệp phát hiện và xử lý các điểm chưa phù hợp sớm hơn.

Danh mục tài liệu chi tiết cần chuẩn bị theo từng nhóm được tổng hợp tại bài Hồ sơ kiểm toán doanh nghiệp FDI cần chuẩn bị những gì?

Câu hỏi thường gặp

Kiểm toán viên có kiểm tra hồ sơ chuyển giá của doanh nghiệp FDI không?

Kiểm toán BCTC không nhằm xác nhận hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, nhưng kiểm toán viên sẽ xem xét giao dịch với bên liên quan, thuyết minh và rủi ro thuế có thể ảnh hưởng trọng yếu tới BCTC, bao gồm khả năng phải ghi nhận thêm nghĩa vụ thuế.

Ý kiến kiểm toán ngoại trừ thường xuất phát từ đâu ở doanh nghiệp FDI?

Thường do không thu thập được bằng chứng về hàng tồn kho (không chứng kiến kiểm kê), công nợ với công ty mẹ không đối chiếu được, hoặc doanh nghiệp không đồng ý điều chỉnh các sai sót trọng yếu như trích lập dự phòng, ghi nhận doanh thu sai kỳ.

Doanh nghiệp FDI nên bắt đầu làm việc với kiểm toán viên khi nào?

Nên ký hợp đồng và lập kế hoạch trước ngày kết thúc năm tài chính để kiểm toán viên tham gia chứng kiến kiểm kê và thực hiện kiểm toán giữa kỳ, giúp hoàn tất BCTC kịp hạn quyết toán thuế (ngày cuối tháng thứ 3 sau năm tài chính) và lịch báo cáo của tập đoàn.

Nguồn tham khảo: Luật Kiểm toán độc lập 67/2011/QH12, Nghị định 17/2012/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 90/2025/NĐ-CP); Thông tư 99/2025/TT-BTC; Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15, Nghị định 320/2025/NĐ-CP; Luật Thuế TNCN 109/2025/QH15; Nghị định 132/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP); Nghị định 236/2025/NĐ-CP (tra cứu văn bản tại vbpl.vn).

Cẩm nang liên quan: Tổng hợp quy định, quy trình, hồ sơ và chi phí kiểm toán tại Cẩm nang kiểm toán doanh nghiệp 2026.